明代自内阁初建的永乐时期开始，一直到弘治年间，六部尚书与其之间就从未有正式的迁转情况。这种相互之间的对立在内阁成立初期已经有所体现。

永乐二年(1404)十二月立春之时，成祖朱棣于奉天殿赐宴群臣，照例赏赐六部尚书和侍郎金织文绮衣各一袭，同时“特赐翰林学士解缙，侍读黄淮、胡(广)，侍讲杨荣、杨士奇、金幼孜衣，与尚书同”，而且非常明确地指出:“朕于卿等非偏厚，代言之司、机密所寓，况卿六人旦夕在朕左右，勤劳勚益，不在尚书下。故于赐赉必求称其事功，何拘品级。”并且强调:“朕皇考初制，翰林长官品级与尚书同，卿等但尽心职任。”内阁在创建初期虽然尚归属于翰林院管辖，当时内阁诸臣也以翰林院官职为尊，但是朱棣在这次宴会中将内阁诸臣与六部尚书同等赏赐，并明确强调其官秩虽然仅为五品，但职能不在六部尚书之下。这基本上表明朱棣设立殿阁大学士的初衷便有着削弱六部尚书地位与职掌之意，奠定了两者之间相互制衡的关系。

当然，内阁这种职、权严重不相匹配的情况并没有长久持续，随着内阁地位的提升，仁宣时期开始形成阁臣入阁后加六部尚书或侍郎等虚衔的惯例。如洪熙元年(1425)正月，加封“黄淮为少保、户部尚书仍兼武英殿大学士，加少傅兼华盖殿大学士杨士奇兵部尚书，太子少保兼武英殿大学士金幼孜礼部尚书，俱三俸并支，仍掌内制”。虽然这种加封是“不预所升职务”的，但在一定程度上也是对六部职权的侵犯。明人对此也曾明确指出其有违祖宗之意，“大学士五品尔，如欲加于六卿，则何不崇其阶衔也”。这种加衔虽然破坏了对内阁的限制，但是显然在一定程度上给予了其干涉六部事务的便利，进一步强化了内阁对六部尚书的制衡。

内阁建立之初的选任方式也与六部官员有明显差异，基本都是以直接从翰林院官员中选拔为主，甚至因此曾选择部分新科进士与翰林院官员于内阁观政，作为阁臣的预备者。“明实录”中较为明确的记载有两次，第一次是在永乐二年(1404)左右，当时新科进士中的一甲与庶吉士的28人“就文渊阁进其学”，最终三年考满之时，彭汝器、王直、余鼎、玉英、罗汝敬等人得以留任。第二次是在宣德九年(1434)八月时，“命行在翰林院修撰马愉、陈询、林震、曹鼐，编修林文龚、锜钟复、赵恢，大理寺左评事张益，同庶吉士萨琦、何瑄、郑建、江渊、李绍、姜洪、徐珵、林补、赖世隆、潘洪、尹昌、黄瓒、方熙、许南杰、吴节、叶锡、王玉、刘实、虞瑛、赵智、陈金、王振、逮端、黄回祖、傅纲、萧镃、陈惠、陈睿三十七人，于文渊阁进学”。)文渊阁是阁臣入直办事之地，这两次进学实质是内阁为挑选接班人而进行的，其中较为明确的是，王直曾长期在内阁撰写诏书，马愉、曹鼐在杨士奇、杨荣致仕后入阁预机务，可见当时内阁迁入的惯例是以翰林院官职为主，这在正统以后也继续沿袭，“故正统年间陈循、高谷、苗衷、马愉、曹鼐以学士入，张益、彭时、商辂以修撰入，则旧意犹存可考也”。这种直接从“词臣”选拔入阁的方式显然重视的是秘书性职责，“盖朝廷用入阁者皆出翰林，翰林之选文字而已，非尝考其行也”。这与六部尚书选拔注重行政能力是截然不同的，这时期的六部尚书中像何文渊、王翱、李秉等都是经过地方与中央的行政历练，从知府、推官等地方官升迁至中央后，累迁至尚书之职的。

这其中有一个非常典型的代表人物就是曾担任过吏部尚书的王直，他的仕宦经历充分体现了内阁与六部尚书的制衡性。王直，江西泰和人，永乐二年(1404)进士，授庶吉士并“事文渊阁”。3(P643)他也应是内阁成立以来第一批选拔入阁观政学习的新科进士。最终三年考满之时，王直得以继续留任内阁，“俾属草”。)当然严格意义上讲，王直并非真正的阁臣，没有殿阁大学士的名与实，仅可以看成是阁臣的候补。王直的内阁生涯一直持续到正统五年(1440)左右，入阁30余年，不论是文采还是能力，都备受推崇，“中外咸倚重之”。而且杨士奇、杨荣等阁臣在正统时年事已高，即将致仕，王直又与杨士奇有同乡之谊，成为正式阁臣本来是水到渠成之事。但是王直此时却与杨士奇发生嫌隙，杨士奇之子杨稷“居家暴横，乡民甚苦之”，王直曾提醒过杨士奇，但是杨士奇却被其子蒙骗，认为“抑庵(王直)忌其功名，妄为此语”，由此嫉恨王直，随即将其排挤出内阁。

王直出阁后担任礼部侍郎，随后于正统八年(1443)升迁为吏部尚书，并一直任职到天顺元年(1458)。任职期间，杨士奇于正统九年(1444)病逝，而内阁马愉、曹鼐、陈循、苗衷、高谷等人的地位和威望均无法与其并列，且自景泰二年(1451)开始，由于王直年老体衰，先后任命何文渊、王翱为吏部尚书辅佐管理部事。可以说，王直入阁的所有阻碍已经基本清除。但实际情况是，王直此时仍旧担任吏部尚书之职，与宣德时期的吏部尚书蹇义、户部尚书夏元吉解部事以备顾问大体相同，也就是说，明代官员“若先升尚书，则无入阁之命”。王直晚年对此也曾感叹道:“西杨不欲予同事内阁，出予理部事，当是时不能无憾。”结合王直的仕宦经历，这种遗憾在针对杨士奇的同时，显然也与当时的政体阻断其回归内阁之路不无关系。

此外，内阁在正统时期获得的“票拟”之权与六部尚书的行政权也具有很强的制衡性，对此解释最为精辟的要属隆庆时期的内阁首辅兼吏部尚书高拱。他在《三乞天恩辞免兼任疏》中提到:

我国家之事，皆属部臣题行，阁臣拟票。或未当，则为之驳正;或未妥，则为之调停。不嫌异同，务在参伍。所以事多得其理，而人不敢为奸，是阁之与部不容混而一也……春芳既解任去，而臣又忝居二辅之先，若仍领铨务，则自所题行，自所拟票，驳正调停终为未便，是谓以水济水，谁能食之……今内阁平章重事，吏部进退百官，皆权所在也。臣既忝阁臣之先，而仍总吏曹之职，则操权不亦太重乎?权太重，非惟臣难以居，而国体亦非所宜。

高拱非常明确地指出明代中央权力结构中内阁与六部职权是相辅相成、相互制约的，这是明代废除丞相制度后精心设计的外廷运行和制约机制，如若两者归于一处，则操权太重，严重威胁皇权的稳固和国体的稳定。此外，正德时期的焦芳也曾有此类似经历。当时焦芳由吏部尚书入阁，但是他想继续兼任吏部尚书之职，“内阁处密勿之地，虽与闻机务，而不得专进退百官之权，兼掌部印，实芳所欲也”，但是大学士李东阳等人都指出此事破坏国家政体，“为芳忠告，于是芳乃恳辞”。

内阁无论是在设立初衷、选任途径，还是职掌等方面，都与六部形成一种制衡机制，尤其是吏部尚书王直的仕履经历，更是鲜明地揭示出明代“尚书不入阁”是当时政治体制运行的一种惯例。但不能否认的是，自景泰以来，翰林院出身官员在经历外任官职后开始较多地进入内阁，其中“天顺、成化、弘治以来，由侍郎升尚书入阁者，日久因袭，不可复改矣”，像江渊、李贤、万安、刘诩、刘吉、尹直等均是以侍郎迁入内阁，甚至还出现王文这种以都察院左都御史入阁者。这种变化显然是为了调整内阁以“文词”为选才的标准，更加注重文采与能力的结合，尽量避免“不得人而误天下”的情况出现。虽然“未有升至尚书已理部事而复入内阁”者，但是从翰林官直接入阁转而经过侍郎等职官历练再入阁，六部尚书与阁臣入阁前官职的差距开始急剧缩小，这就为六部尚书直接入阁奠定了基础，到弘治、正德以后，尚书不入阁惯例被彻底破坏。但即便如此，透过焦芳的经历和高拱的奏疏可知，对内阁和六部制衡性关系的认知在阁权极速膨胀并且压制六部的正德至隆庆时期仍旧是存在的。

不过自弘治、正德时期开始，六部尚书不入阁的惯例开始松动， 万历至崇祯朝相继得以改变。

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