在京城呆了几年以后，年羹尧被调任为四川提督，开始进入封疆大吏的行列。西北准噶尔部再次挑战清朝以后，在老十四胤禵的推荐下，年羹尧又担任了陕甘总督。雍亲王胤禛随后成为了雍正皇帝，为了掌握西北的军事控制权，雍正皇帝任命年羹尧出任抚远大将军，率领20多万军队围剿清朝蒙古贵族的叛乱。

雍正时期，年羹尧被罢免了大将军，降级为杭州将军。年羹尧作为康熙和雍正年间的重要将领，他曾经配合各军平定西藏的叛乱，平息青海。年羹尧和科隆多在拥护雍正帝上位时，作出了很大贡献，深得雍正赏识，曾官至抚远大将军 权力军力都很强盛。

年羹尧的西北绥远大将军只是一个临时官职，班师撤回时，军队各归原建制，印信缴还，大将军的官衔也随之消失。当然，这个西北绥远大将军也没有相应的品衔对应，所以当时的年羹尧虽然手握几十万兵力、节制西北四省，也只不过是被雍正皇帝临时授予的特权，他实质上的官衔和品衔还是按照之前担任的川陕总督来的，也就是正二品官员。

杭州将军官阶为武官从一品，他负责就是所在杭州辖区的所有八旗兵，包括训练、整备和作战等，可以说杭州将军的权力就是指挥和训练八旗兵，其他的任何事情他一概不管，也不能管。当然杭州将军还有一个职责就是监视所在辖区的所有绿营兵，如果绿营有异动，杭州将军可以先下手一步将绿营兵全部控制起来，然后报有皇帝处置。而如果情况紧急甚至可以先斩后奏，直接用军事行动将这些绿营兵全部诛杀。

在当时的政坛，年羹尧绝对是炙手可热、权势熏天的肱骨之臣。雍正三年(1725年)，雍正决定对年羹尧进行清算，但又不能马上治他的罪，所以先解除其川陕总督职，逼他交出抚远大将军印，降为杭州将军，表面上是以示惩戒和警告，实际上不过是让他在杭州将军任上方便闽浙总督对他的监视控制。

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